Když v roce 1980 založil Alain Floquet nový systém budó, začala organizace FIAB pracovat na jeho rozšiřování jak ve Francie, tak i za jejími hranicemi. V poměrně krátké době si aikibudó vybudovalo početnou členskou základnu ve frankofonních zemích, kde francouzští učitelé mohli vyučovat ve své mateřštině. V roce 1991 se aikibudó dostalo i do tehdejší ČSFR.
Začátkem roku 1991 Jiří Matoška a Ladislav Petráš dali iniciativu k založení Asociace bojových a duchovních umění (ABDU). Jejím cílem bylo sdružit zájemce o nesportovní bojová a duchovní umění, pěstovaná pro rozvoj osobnosti. ABDU zastřešovala činnost jednotlivých federací různých umění (džú džucu, wušu, iaidó, aikidó, kobudó, karatedó, tai t´i, či kung, jóga, šiacu).
Jiří Matoška byl v ABDU činný jako trenér džúdžucu. V roce 1991 se v Brně seznámil s učitelem francouzštiny Serge Le Clercqem, který se mimo jiné věnoval i bojovým uměním tai t´i a aikidó. Díky němu se Jiří Matoška dověděl o existenci systému aikibudó mistra Alaina Floqueta. Následovala výměna dopisů mezi Jiřím Matoškou a Francouzskou federací aikibudó a ještě téhož roku přijel do Brna francouzský trenér Laurent Chaigneau, v té době nositel 4. danu aikibudó.
V roce 1991 byla pod záštitou ABDU zorganizována první stáž aikibudó v Česku pod vedením Laurenta Chaigneau. Akce probíhala v dnes již neexistujícím dódžó na Haasově ulici v Brně-Žabovřeskách. Po odjezdu Laurenta Chaigneau vznikla skupina cvičenců pod vedením pana Matošky, která pokračovala v tréninku základních principů a technik, které jim byly předvedeny. Tréninky probíhaly pod záštitou oddílu džúdžucu v hale Moravské Slávie na ulici Vojtova.
V roce 1992 se uskutečnila čtrnáctidenní stáž aikibudó ve francouzském La Rochelle, které se zúčastnil Jiří Matoška, Jaromír Pokorný a David Bláha. První tréninková stáž ve Francii znamenala pro tehdejší cvičence otevření brány za níž se nacházel svět aikibudó.
V průběhu letní stáže roku 1992 byla založena Mezinárodní federace aikibudó (FIAB). Čeští aikibudóka se účastnili oficiálního zasedání a Jaromír Pokorný zde 14. srpna 1992 podepsal dokument o vstupu ABDU do Mezinárodní federace aikibudó. Po návratu do Česka byla založena samostatná Federace aikibudó se sídlem v Brně, jako jeden z členů ABDU.
Založení Federace aikibudó přispělo k vytvoření pevnějších základů pro samostatnou tréninkovou činnost. Technický rozvoj cvičenců byl však pomalý. Jediným zdrojem informací k tréninku technik byly zkušenosti získané ve Francii a také kniha Alaina Floqueta De l'aikido moderne á l'Aikibudo.
Důležitou událostí z hlediska technického rozvoje českého aikibudó byla druhá stáž v La Rochelle. Ta se uskutečnila v roce 1993. Zde se začínající aikibudóka naučili kromě technik aikibudó i základům bojového systému se zbraněmi tenšin šóden katori šintó rjú pod vedením mistra Goro Hatakeyami. Od roku 1991 se však změnila sestava trenérské skupiny. Jaromír Pokorný svou aktivní činnost v aikibudó ukončil, David Bláha rovněž a v následujících letech pokračoval v tréninku aikidó. Kromě Jiřího Matošky se stáže zúčastnili také Petr Vašíček, Ludvík Májek a Petr Podroužek. P. Vašíček a L. Májek byli cvičenci pana Matošky z oddílu džúdžucu. Petr Podroužek pracoval jako sportovní redaktor a později se zasloužil o popularizaci aikibudó v ČR řadou novinových a časopiseckých článků.
Po odjezdu prezidenta ABDU Jaromíra Pokorného do zahraničí v roce 1994 převzal vedení asociace Jiří Matoška. Zároveň předal vedení Federace aikibudó do rukou Ludvíka Májka a Petra Vašíčka. Ve roce 1994 vznikl také oddíl pro děti, vedený Barborou Matoškovou a další oddíl aikibudó v Líšni, vedený Ludvíkem Májkem.
V následujících letech se aikibudó v Česku pozvolna vyvíjelo. Počet cvičenců však stále nebyl příliš vysoký. V roce 1995 podnikl pan Matoška cestu do Paříže, kde trénoval i se svou dcerou Barborou Matoškovou. Po návratu do Brna oznámil ostatním trenérům, že pro Českou republiku byl Alainem Floquetem jmenován technický ředitel Daniel Bensimhon. Od tohoto okamžiku bylo jeho úkolem dohlížet na rozvoj a úroveň techniky aikibudó v ČR.
Za organizační podpory Jiřího Matošky a Ludvíka Májka se v dubnu roku 1995 v Brně uskutečnil první seminář aikibudó pod vedením Daniela Bensimhona, v té době 4. dan aikibudó. Stáž probíhala v orlovně na Mendlově náměstí. Tato událost přispěla k dalšímu rozvoji aikibudó a činnosti trenérského týmu, který tehdy tvořil Jiří Matoška, Ludvík Májek, Petr Vašíček, Přemysl Svoboda, Petr Kopeček, Barbora Matošková a Kamil Horák.
Ještě v červnu 1995 odjel Ludvík Májek a Petr Vašíček do Francie. Tam jim byly byly uděleny první technické stupně aikibudó v České republice. Ludvík Májek složil technické zkoušky na 1. kjú a Petr Vašíček na 1. dan.
Na podzim roku 1995 byl Federací aikibudó vytvořen systém vzdělávání trenérů, který podporoval a určoval pravidelné vysílání svých instruktorů na tréninkové stáže do zahraničí. Cílem tohoto systému bylo zabezpečení systematického technického rozvoje aikibudó v ČR. Pravidla stanovená systémem vzdělávání trenérů nepřijal Petr Vašíček. Ten nakonec Federaci aikibudó opustil, začal vyvíjet vlastní tréninkovou činnost a ani v současné době není členem Federace českého aikibudó. Jiří Matoška v rozvoji aikibudó v České republice přestal také aktivně působit.
Vedoucí osobou Federace aikibudó se stal Ludvík Májek, za jehož přispění se v dubnu roku 1996 uskutečnila v Brně druhá stáž pod vedením Daniela Bensimhona. V té době se tréninková činnost provozovala v orlovně na Mendlově nám. Ludvíku Májkovi asistovali při vedení tréninků Přemysl Svoboda a Petr Kopeček
Na podzim roku 1996 musel Ludvík Májek odjet na pracovní školení a oddíl na Mendlově náměstí proto předal Přemyslu Svobodovi a Petru Kopečkovi. Činnost Májkova oddílu v Líšni tím byla natrvalo ukončena.
Po svém návratu v roce 1997 přenechal Ludvík Májek svým asistentům vedení skupiny pokročilých cvičenců a sám se věnoval skupině začátečníků. V roce 1997 ukončila Barbora Matošková činnost oddílu pro děti, čímž se vytvořil nový prostor v tělocvičně na Mendlově náměstí. Petr Kopeček zde založil oddíl, který se věnoval pouze škole šermu katori šintó rjú. V témž roce navštívili Francii Petr Kopeček, Přemysl Svoboda, Karin Hustáková a Richard Bouda. Po návratu došlo k rozporu mezi Petrem Kopečkem a Ludvíkem Májkem. Jejich spolupráce tím skončila.
Od ledna 1998 změnil Petr Kopeček náplň výuky svého oddílu katori šintó rjú a započal i s výukou aikibudó. Ve vedení tohoto oddílu mu asistoval Přemysl Svoboda. V té době tedy vyvíjely svou činnost dva oddíly aikibudó - L. Májka a P. Kopečka, které navzájem nespolupracovaly.
V únoru 1998 založili Petr Kopeček, Přemysl Svoboda a Karin Hustáková Společnost pro studium japonských bojových a tradičních umění. Tím se stali nezávislými na dosavadní Federaci aikibudó, která byla součástí ABDU. V rámci svého občanského sdružení rozvíjeli umění aikibudó i katori šintó rjú. V červnu 1998 se Petr Kopeček, Přemysl Svoboda a Richard Bouda účastnili stáže ve Francii. Na této akci byl přítomen i bývalý člen Federace aikibudó Petr Vašíček. Zde mu byl udělen technický stupeň 2. dan. Na letní stáži roku 1998 byly ve Francii uděleny další technické stupně aikibudó a to Petru Kopečekovi 1. dan, Přemyslu Svobodovi 1. dan, Karin Hustákové 1. kjú.
Ludvík Májek pokračoval ve své trenérské činnosti, postupně však se stále menší intenzitou. Ve vedení oddílu mu pomáhal Robert Roman. V roce 1998 Ludvík Májek ukončil z rodinných důvodů svou trenérskou činnost a jeho oddíl zanikl. Někteří cvičenci Ludvíka Májka pokračovali v tréninku aikibudó ve Společnosti pro studium japonských bojových a tradičních umění pod vedením Petra Kopečka. Zejména se to týká Roberta Romana a Lenky Briones Labán, kteří jsou v současné době oba nositeli 1. danu.
Rozvoj aikibudó v České republice od té doby zajišťovala pouze Společnost pro studium japonských bojových a tradičních umění pod vedením Petra Kopečka, za asistence Přemysla Svobody a Karin Hustákové. K. Hustáková dosáhla úrovně 1. danu., tréninku aikibudó však později zanechala. Petr Kopeček nadále rozvíjel aikibudó společně s Přemyslem Svobodou až do roku 2002.
V červnu 2002 Petr Kopeček předal vedení českého aikibudó Přemyslu Svobodovi. V současnosti se Petr Kopeček věnuje rozvoji tenšin šóden katori šintó rjú a svou činnost vyvíjí ve své vlastní organizaci.
Tréninky aikibudó probíhaly nadále pod vedením Přemysla Svobody na Mendlově náměstí. Druhý oddíl aikibudó byl založen Richardem Boudou v Brně-Líšni.
V září roku 2002 založil Robert Roman nový oddíl při Vysokoškolském sportovním klubu (VSK) Masarykovy univerzity. Oddíl v současnosti vede Michal Vít.
V roce 2004 byla založena Federace českého aikibudó (FČA). FČA je oficiální organizací pověřenou Mezinárodní federací aikibudó (FIAB) k výuce a hájení zájmů aikibudó v České republice. Předsedou FČA byl jmenován Přemysl Svoboda, 3. dan aikibudó, který je současně technickým ředitelem aikibudó pro ČR.